Koostööpartnerid Eestis:
Eesti Kristlik Nelipühikirik
Lastekeskus Tähetorn
Päästearmee Eestis
Eesti Evangeelse Alliansi misjonitoimkond
Rahvusvahelised organisatsioonid ja koostöövõrgustikud, mille liige EMKTS on:
Methodist-Related Schools in Europe (MTSE)
International Association of Methodist-Related Schools, Colleges and Universities (IAMSCU)
European Evangelical Accreditation Association (EEAA)
International Council of Evangelical Theological Education (ICETE)
Koostööpartnerid väljaspool Eestit:
Asbury Theological Seminary
UMC General Board of Higher Education and Ministry (GBHEM)
UMC General Board of Global Ministries (GBGM)
World Methodist Council/World Evangelism
Fellowship of European Evangelical Theologians (FEET)
One Mission Society (OMS)
