Eestis Metodisti Kiriku ajaloos on 1994. aasta väga eriline. Realiseerus ammune unistus - asutati kõrgkool, mille esmaülesandeks on valmistada ette oma kirikule pastoreid ning töötegijaid erinevate kogudusetöö valdkondade tarvis.
Mõneti sai meie koolile eeskujuks Asbury Teoloogiline Seminar Ameerikas, kus on pikaajaline teoloogilise koolituse kogemus. Meie seminari loomiseks saatis Metodisti Maailmanõukogu Evangelismikomitee direktor dr H. Eddie Fox Ameerikast appi Wes Griffini koos abikaasa Joy ja kahe lapsega, kes saabusid Tallinnasse 1994. aasta märtsis. Üllatavalt kiiresti kohanesid Griffinid Eesti oludega ning nende panus seminari rajamisel on märkimisväärne. Pastor Wes Griffin oli seminari esimene dekaan ja dr H. Eddie Fox kuulus kuni oma elu lõpuni (28.07.2021) EMK Teoloogilise Seminari Eestseisusesse. 1994. aasta kevadel oli lõpetanud magistrikraadiga Asbury Teoloogilise Seminari Andrus Norak, senine Tartu Metodisti koguduse pastor. Temast sai koolile esimene rektor.
1994. aasta suvekuudel said nii kooli põhikiri kui õppeplaanid kokku seatud ning õppejõud ja muu personal ametisse võetud. Kõrghariduse omandamise nominaalseks õppeajaks sai planeeritud neli aastat, kuid juba algusest pakuti võimalus piirduda ka aastase praktilise teoloogia põhikursusega. Augustis toimus avaseminar meie kiriku laagrikeskuses Aa rannas. Sügisel algas regulaarne õppetöö Apteegi tänaval kirikukeskuse kitsastes ruumides. Tõenäoliselt andis õppejõududele ja küllap üliõpilastelegi jõudu ebamugavustest üle vaadata lootus, et ühel päeval saame täpselt seminari vajaduste järgi ehitatud kaunisse ja avarasse hoonesse Kadrioru veerel.Esimene lend oli ja jääb ka tõenäoliselt seminari ajaloos eriliseks. Õppima olid tulnud mitmed mehed ja naised, kes juba rasketel aastakümnetel olid metodisti kirikus ustavalt tööd teinud. Üliõpilaseks pürgides ei olnud nad küll enam poisi- ega plikaohtu. Vaatamata sellele said neist üllatavalt innukad tudengid, kes paistsid silma eriliselt sügavate huvide ja laia silmaringi poolest. Õppimist ei suutnud takistada seegi, et mõni neist kaht kogudust teenis ning kodus mitu last kasvamas oli. Õppejõududelgi, kes vanematest üliõpilastest ligi poole nooremad olid, õnnestus sellelt kursuselt palju juurde õppida.
1998. aasta kevadel sai EMK Teoloogilisest Seminarist riiklikult akrediteeritud rakenduslik erakõrgkool. Oleme Eestis üheks neljast teoloogilist haridust pakkuvast kõrgkoolist. Alguses oli õppetöö vormiks päevaõpe, hiljem on korraldatud ka kaugõppe aastakäike. Päevane õpe läks 2010. aastal üle moodulõppe süsteemiks. Kuni aastani 2012/2013 oli EMK Teoloogilises Seminaris võimalik valida aastane või 4-aastane õppekursus. 2013/2014 õppeaastast läks EMKTS üle 3-aastasele õppekavale.
Seminar on kujunenud konfessionaalselt avatuks: metodistide kõrval on aasta-aastalt järjest rohkem tulnud õppima ka luterlasi, baptiste, nelipühilasi ja teiste vabakoguduste liikmeid.